早在明朝万历年间，即1573-1620，便有同安人南下。清朝道光年间，即1820年年代，更多人南来谋生。

1921年2月18日，新加坡开埠后的第三年，第一艘从中国南来的大帆船，便是载着同安人从同安县的澳头社出发。

1929年，先贤陈延香前来新加坡，并呼吁乡亲组织同乡会。不久，陈延谦、林金殿、蒋骥甫、张扶来、胡先愿等人发起组织。筹款3万元，买下丝丝街167号的三层楼会所。1929年10月29日会馆注册获得批准。

1931年5月31日，同安会馆正式成立。早期会馆的活动主要是为乡亲排忧解难，介绍工作，促进互助。第一届主席是陈延谦。接下来的主席依序是林金殿、颜世芳、陈文确、孙炳炎、陈积谋和林树南。

1966年孙炳炎出任主席。他在会馆34周年的庆典上，倡议在原址扩建会馆，获得乡亲大力支持。扩建工作于1980年启动，1984年完成，意味着3层楼的会馆，变成了11层楼的大厦。

会馆这些年来，秉持着协助乡亲，发扬传统文化的信念举办活动。先贤如陈嘉庚、陈延谦、陈文确、林金殿、颜世芳、柯朝阳、叶怡煎、张扶来、蒋骥甫、胡先愿、陈六使、郭芳枫等人，都先后为会馆作出巨大贡献。